A Associação Mata Ciliar possui tres viveiros de mudas florestais, onde produz cerca de 200 espécies diferentes de árvores características de Mata Atlântica e Cerrado. Estes viveiros localizam-se em Pedreira, Jundiaí e Águas de Lindóia, possuindo a capacidade de produção anual de dois milhões de mudas.

O processo de produção de mudas inicia-se com a identificação de árvores matrizes. Nesta etapa, indivíduos são avaliados e selecionados considerando suas condições fitossanitárias e ecológicas. Identificadas, as árvores matrizes são monitoradas com o objetivo de determinar o período ideal para a coleta de sementes de cada espécie, maximizando a quantidade de sementes viáveis.

As sementes de algumas árvores entram em estado de dormência como forma de defesa e estratégia para a perpetuação das espécies na natureza. As sementes coletadas que apresentam esta característica são beneficiadas e tratadas para que tenham a quebra de dormência e em seguida, sejam semeadas para que a germinação ocorra de forma mais rápida. As sementes de espécies que não apresentam dormência são semeadas logo após a coleta.

De acordo com as características das espécies e sua destinação, as mudas podem ser produzidas em tubetes ou sacos plásticos. A Associação Mata Ciliar utiliza parte da produção para projetos de recuperação de áreas degradadas desenvolvidos pela própria entidade e outra parte é comercializada para a manutenção de seus outros projetos, inclusive, aqueles relacionados à fauna.

Os bons resultados qualitativos e quantitativos atingidos na produção das mudas devem-se a seleção criteriosa de árvores matrizes, utilização de insumos de boa qualidade, irrigação adequada e controle e monitoramento de pragas e doenças comuns aos viveiros florestais.