A Associação Mata Ciliar, uma entidade civil sem fins lucrativos, foi fundada em 1987 com o objetivo de preservar os mananciais através do estudo das espécies nativas e produção de mudas das mesmas. Hoje a Mata Ciliar conta com a produção anual de aproximadamente dois milhões de mudas de 200 espécies diferentes de plantas características de Mata Atlântica e Cerrado, produzidas em tres viveiros localizados nas cidades de Pedreira, Jundiaí e Águas de Lindóia.

Em 1997, a Mata Ciliar fundou um Centro de Reabilitação de Animais Silvestres (CRAS) na cidade de Jundiaí (SP), com o intuito de prestar atendimento médico veterinário aos animais da fauna silvestre local. Os animais, provenientes da Serra do Japi e região, chegam ao CRAS em consequência de tráfico, queimadas, caça, desmatamento, entre outros motivos; sendo encaminhados à Mata Ciliar pelo Corpo de Bombeiros, Polícia Ambiental, Guardas Municipais, além de outras instituições.

A Mata Ciliar conta também com o Centro Brasileiro para Conservação de Felinos Neotropicais que tem o objetivo de implementar estratégias para a conservação das oito espécies de felinos selvagens que ocorrem no país. Trata-se de um centro de referencia internacional promovendo pesquisa em cativeiro e vida livre.